1.- ACCases

1a.- Homomeric acetyl-CoA carboxylase (EC 6.4.1.2)

Last update, nr data base: 8-28-99

Last update, dbEST data base: 8-13-99

Last update, Stanford data base: 8-15-99

 

 

Plant species

type of sequence

accession number

EST clone ID/gene ID in BAC

A. thaliana

D c

D34630

ACC1

A. thaliana

G p

D34632

ACC2

A. thaliana

G c

L27074

ACC1

A. thaliana

BAC

AC006228

ACC1

A. thaliana

GSS

B96538

ACC1

A. thaliana

GSS

AL085800

ACC1

A. thaliana

GSS

AL092199

ACC1

A. thaliana

GSS

AL087902

ACC1

A. thaliana

GSS

AQ251562

ACC1

A. thaliana

GSS

B61290

ACC1

A. thaliana

GSS

B98694

ACC1

A. thaliana

GSS

B60958

ACC1

A. thaliana

GSS

AL080847

ACC1

A. thaliana

GSS

AL082802

ACC1

A. thaliana

GSS

AL089890

ACC1

A. thaliana

GSS

B62178

ACC1

A. thaliana

G p

A47138

ACC1*

A. thaliana

G p

A47140

ACC1*

A. thaliana

G p

A47150

ACC1*

A. thaliana

G p

A47151

ACC1*

A. thaliana

G p

A47152

ACC1*

A. thaliana

G p

A47153

ACC1*

A. thaliana

G p

A47155

ACC1*

A. thaliana

G p

A47154

ACC1*

A. thaliana

G p

X77377

ACC1*

A. thaliana

G p

X77381

ACC1*

A. thaliana

G p

X77380

ACC1*

A. thaliana

G p

X77378

ACC1*

A. thaliana

G p

X77379

ACC1*

A. thaliana

G p

X77376

ACC1*

A. thaliana

G p

X77375

ACC1*

A. thaliana

G p

D34631

ACC1

A. thaliana

GSS

AL086237

ACC2

A. thaliana

GSS

AL096573

possibly, ACC2

A. thaliana

GSS

AL088747

possibly, ACC2

A. thaliana

GSS

B78114

possibly, ACC2

A. thaliana

GSS

B77354

possibly, ACC2

A. thaliana

EST

H76027

193N22T7

A. thaliana

EST

N96095

G1E3T7

A. thaliana

EST

T88137

156K18T7

A. thaliana

EST

T14234

60C1T7

A.sativa

G c

AF072737

 

B. napus

G c

X77576

 

B. napus

G p

Y10301

 

B. napus

G p

Y10302

 

B. napus

D p

X77382

 

B. napus

D p

X77374

 

B. napus

EST

L33517

 

C. sinensis

D p

AF054588

 

G. max

G c

L42814

 

G. max

G p

L48995

 

G. max

D p

L49020

 

G. max

EST

AI930995

 

H. vulgare

D p

X99102

 

M. polymorpha

EST

C95787

 

M. sativa

D c

L25042

 

O. sativa

EST

D39088

R1911_1A

O. sativa

EST

D46166

S10652_2A

O. sativa

EST

D39099

R1958_1A

O. sativa

EST

D24786

R2445_1A

P. vulgaris

D p

AF007803

 

P. taeda

EST

AI725217

 

T. aestivum

D c

AF029895

 

T. aestivum

D c

AF029896

 

T. aestivum

D c

AF029897

 

T. aestivum

D c

U10187

 

T. aestivum

G c

U39321

 

T. aestivum

D p

Z23038

 

Z. mays

D c

U19183

 

Z. mays

D p

A25272

 

Z. mays

D p

A25273

 

Z. mays

D p

A25275

 

Z. mays

D p

A25276

 

Z. mays

D p

A25278

 

Z. mays

D p

A25279

 

Z. mays

D p

A25281

 

Z. mays

D p

A25282

 

Z. mays

D p

A25284

 

Z. mays

D p

A25285

 

Z. mays

D p

A25287

 

Z. mays

D p

A25288

 

Z. mays

D p

Z24449

 

Z. mays

D p

U58598

 

Z. mays

EST

AI600344

 

 

   *sequences X77375-X77381 and A47138-A47155 belong to one and the

same gene, probably ACC1, which has been sequenced completely(L27074).

However, there are numerous conflicts between L27074 and X77375-X77381

and A47138-A47155 probably due to sequencing errors in X77375-X77381

and A47138-A47155 (see alignments in A47138-A47155)

 

Possible fungal contamination in A. thaliana GSI:

 

A. thaliana

GSS

AL094535

Likely fungal contamination (clone T13G2)

A. thaliana

GSS

AL094534

opposite end of BAC T13G2

 

Algae:

 

C. cryptica

G c

L20784

 

 

 

 

1b.- Heteromeric acetyl-CoA carboxylase BC subunit (EC 6.4.1.2)

Last update, nr data base: 8-14-99

Last update, dbEST data base: 8-14-99

Last update, Stanford data base: 8-15-99

 

Plant species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

A. thaliana

BAC

AF058826

T26D22.8

A. thaliana

BAC

AB025636

T26D22.8

A. thaliana

GSS

B24497

T26D22.8

A. thaliana

GSS

B77169

T26D22.8

A. thaliana

GSS

B96584

T26D22.8

A. thaliana

G c

Y09061

T26D22.8

A. thaliana

G c

U91414

T26D22.8

A. thaliana

D c

U90879

T26D22.8

A. thaliana

EST

W43872

H7D5T7

A. thaliana

EST

T76735

150M20T7

A. thaliana

EST

N96285

G7H12T7

A. thaliana

EST

F14081

VBVXB09

A. thaliana

EST

N96268

G7E8T7

A. thaliana

EST

R86786

119H4T7

A. thaliana

EST

F14110

VBVXB09

B. napus

EST

H74551

 

B. napus

EST

H74554

 

C. annuum

EST

AA840642

 

G. hirsutum

EST

AI731515

 

G. hirsutum

EST

AI731285

 

G. hirsutum

EST

AI728982

 

G. hirsutum

EST

AI729573

 

G. hirsutum

EST

AI725963

 

L. esculentum

EST

AI773901

 

L. esculentum

EST

AI779648

 

L. esculentum

EST

AI483969

 

R. communis

D p

L39267

 

R. communis

EST

T15068

 

G. max

D p

U34393

 

G. max

D c

AF068249

 

G. max

D c

AF007100

 

N. tabacum

D c

L38260

 

 

 

1c.- Heteromeric acetyl-CoA carboxylase BCCP subunit (EC 6.4.1.2)

Last update, nr data base: 8-14-99

Last update, dbEST data base: 8-14-99

Last update, Stanford data base: 8-18-99

 

Multiple alignment of Arabidopsis BCCP ESTs

 

Plant species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

A. thaliana

D c

U23155

 

A. thaliana

G c

U62029

 

A. thaliana

BAC

AB005242

 

A. thaliana

GSS

AL083108

 

A. thaliana

EST

Z25714

VCVDE11

A. thaliana

EST

AA395831

294B8T7, putative

A. thaliana

EST

H76183

196J2T7, putative

A. thaliana

EST

H37386

180M1T7, putative

A. thaliana

EST

H37396

180N1T7, putative

A. thaliana

EST

N38652

221F16T7, putative

A. thaliana

EST

T43109

115I6T7, putative

A. thaliana

EST

R64960

169D5T7, putative

A. thaliana

EST

R90694

191L17T7, putative

A. thaliana

EST

T21716

97C18T7, putative

B. napus

D p

X90727

 

B. napus

D p

X90728

 

B. napus

D p

X90729

 

B. napus

D c

X90730

 

B. napus

D p

X90731

 

B. napus

D p

X90732

 

C. annuum

EST

AA840809

 

G. max

D c

U40666

 

G. max

EST

AI416609

 

G. hirsutum

EST

AI730107

 

G. hirsutum

EST

AI730119

 

L. esculentum

EST

AI773781

 

M. crystallinum

EST

AI822996

 

Populus hybrid

EST

AI164151

 

Populus hybrid

EST

AI165701

 

 

 

algae (encoded in the chloroplast genome):

Algae species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

P. purpurea

G(chl) c

U38804

 

C. caldarium

G(chl) p

AF022186

 

 

1d.- Heteromeric acetyl-CoA carboxylase alpha-CT subunit (EC 6.4.1.2)

Last update, nr data base: 8-6-99

Last update, dbEST data base: 8-6-99

Last update, Stanford data base: 8-28-99

 

Plant species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

A. thaliana

BAC

AC007661

gene T8P21.5

A. thaliana

BAC

AC003028

pseudogene F16M14.19

A. thaliana

GSS

B78424

pseudogene F16M14.19

A. thaliana

GSS

B30122

pseudogene F16M14.19

A. thaliana

EST

AA395138

115E12XP

A. thaliana

EST

N96159

G10A4T7

A. thaliana

EST

T42625

115E12T7

A. thaliana

EST

W43305

H1E11T7

A. thaliana

EST

Z25579

GBGe16

A. thaliana

EST

Z26024

GBGe16

B. napus

EST

H74656

 

G. max

D c

U34392

 

G. max

D c

U40979

 

L. esculentum

EST

AI164224

 

L. esculentum

EST

AI780815

 

P. sativum

D c

Z31559

 

Populus hybrid

EST

AI164224

 

R. communis

EST

T23235

 

R. communis

EST

T23253

 

R. communis

EST

T23254

 

R. communis

EST

T24229

 

R. communis

EST

T24200

 

 

 

 

algae (encoded in the chloroplast genome):

Algae species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

Antithamnion sp.

G(chl) c

Z33874

 

P. purpurea

G(chl) c

U38804

 

C. caldarium

G(chl) p

AF022186

 

 

 

1e.- Heteromeric acetyl-CoA carboxylase beta-CT subunit (EC 6.4.1.2)

Last update, nr data base: 8-6-99

Last update, dbEST data base: 8-6-99

Last update, Stanford data base: 8-6-99

 

Plant species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

A. formosae

G(chl) p

D43695

 

A. thaliana

G(chl) c

No accession number yet

 

B. napus

G(chl) c

Z50868

 

C. reflexa

G(chl) c

X69803

 

E. virginiana

G(chl) c

M81884

 

G. max

G(chl) c

U26948

 

G. arboreum

G(chl) p

AF031580

 

G. barbadense

G(chl) p

AF031582

 

G. darwinii

G(chl) p

AF031585

 

G. hirsutum

G(chl) p

AF031581

 

G. mustelinum

G(chl) p

AF031584

 

G. tomentosum

G(chl) p

AF031583

 

F. capillatum

G(chl) p

AB000302

 

F. capillatum

G(chl) p

AB000303

 

F. cymosum

G(chl) p

AB000304

 

F. cymosum

G(chl) p

AB000305

 

F. cymosum

G(chl) p

AB000306

 

F. cymosum

G(chl) p

AB000307

 

F. cymosum

G(chl) p

AB000308

 

F. esculentum

G(chl) p

AB000309

 

F. esculentum

G(chl) p

AB000310

 

F. gracilipes

G(chl) p

AB000311

 

F. homotropicum

G(chl) p

AB000312

 

F. leptopodum

G(chl) p

AB000313

 

F. lineare

G(chl) p

AB000314

 

F. pleioramosum

G(chl) p

AB000315

 

F. statice

G(chl) p

AB000316

 

F. tataricum potanini

G(chl) p

AB000318

 

F. urophyllum

G(chl) p

AB000320

 

F. urophyllum

G(chl) p

AB000321

 

M. crystallinum

EST

AA856242

 

M. polymorpha

G(chl) c

X04465

 

N. olivacea

G(chl) c

AF137379

 

N. tabacum

G(chl) c

Z00044

 

P. hydropiper

G(chl) p

AB008781

 

P. abiens

G(chl) c

AJ001004

 

P. abiens

G(chl) c

AJ001005

 

P. sativum

G(chl) c

X56315

 

P. sativum

G(chl) c

X15268

 

P. sativum

G(chl) c

X54750

 

P. thunbergii

G(chl) c

D17510

 

P. cuspidatum

G(chl) p

AB019030

 

P. cuspidatum

G(chl) p

AB019031

 

S. tuberosum

G(chl) c

AF069288

 

A. lygodiifolia

G(chl) c

X58429

 

P. patens

G(chl) c

X59787

 

 

 

algae (encoded in the chloroplast genome):

Algae species

type of sequence

accession number

EST clone ID/

gene ID in BAC

C. vulgaris

G(chl) c

AB001684

 

P. purpurea

G(chl) c

U38804